В 1620 году на острове, на берегу длинного узкого морского залива, получившего название Троицкая губа, был основан Свято-Троицкий скит. Его основателем был постриженик Соловецкого монастыря Елеазар , прославившийся как строгий подвижник и аскет, духовный наставник и учитель, образованный человек, иконописец, переписчик книг и автор нескольких аскетических произведений. В первые годы его существования преподобный Елеазар был только духовным руководителем братии, но в 1624 году ему пришлось взять на себя и бремя управления скитом.В Троицкий скит около 1636 года пришел священник Никита Минов, будущий патриарх Никон, и принял здесь монашеский постриг. Он прожил на Анзере около трех лет.В 1650 была построена и освящена каменная Троицкая церковь с приделами в честь иконы Божией Матери «Знамение» и преподобного Михаила Малеина, недалекоот храма построены кельи. Преподобный Елеазар пользовался большим уважением царя Алексея Михайловича, и в скит поступали щедрые пожертвования.